在即将于10月成立公诉厅和重大犯罪调查厅的背景下，政府与执政党就补充侦查权的存废达成一致，决定废除补充侦查权。随着议题转向国会，反对党和法律界部分人士对此表示担忧，认为司法体系可能会瘫痪，因此围绕补充侦查权的存废争论预计将持续一段时间。
29日，法律界消息称，政府根据重大犯罪调查厅和公诉厅的设立法案，将10月2日定为这两个机构的成立日期，并加紧相关准备工作。
此前，准备组于24日在首尔中区选择了“丽娜广场”作为重大犯罪调查厅的总部和首尔厅的办公地点，并已完成办公室的设置。准备组解释称，选择非政府办公楼作为办公地点是为了符合重大犯罪调查厅设立的宗旨，即分离侦查与起诉。
在机构即将成立之际，曾对补充侦查权的存废持不同立场的政府也最近支持了执政党的废除立场。
韩国总理金敏锡于25日召开记者会，正式宣布：“政府已最终确定废除检察补充侦查权为基本立场。”最初，政府在李在明总统表示“至少应保留最低限度的事后验证功能”后，对废除补充侦查权持谨慎态度，但最终接受了执政党提出的“侦查与起诉的完全组织分离”要求。
因此，公诉厅将隶属于法务部，专责起诉和公诉维持，而隶属于行政安全部的重大犯罪调查厅和国家调查总部将专责侦查工作。
政府宣布后，执政党也开始了相关立法程序。共同民主党议员金勇敏和祖国创新党议员朴恩贞等人提案了全面排除检察官直接侦查权的“刑事诉讼法修正案”。
修正案中，检察官不再直接拥有补充侦查权，而是新增了对警方设定三个月内执行期限的“补充侦查要求权”。如果警方无正当理由拒绝，公诉厅长可以要求其职务免除或更换，形成间接的控制机制。
此外，调查阶段的拘留期限从原来的30天缩短至21天，并引入了有条件释放制度和侦查人权保护官等一系列保护嫌疑人权利的措施。
然而，现场的忧虑依然存在。前大邱市长洪准杓于27日在社交媒体上表示：“如果法律专业人士检察官没有补充侦查权，检察官在处理重大案件或高度专业犯罪时将不得不无罪释放被告，补充侦查权的废除是‘恶化’而非改革。”
实际上，根据学界统计，自2021年侦查权调整以来，案件交接造成的案件乒乓现象使得刑事案件的平均处理时间从2018年的126.8天增加到2024年的312.7天，增长了2.47倍，因此全面废除直接补充侦查权可能加剧司法延误的担忧也被提出。
为了应对司法瘫痪的忧虑和人权保障的要求，参与连带于29日举办的讨论会上，强烈提出了制定独立的“侦查程序法”的必要性。
与会者指出，现行刑事诉讼法自1954年制定以来就将检察官视为“侦查的主导者”，因此仅仅删除条文中的“检察官”一词的权宜之计无法涵盖多元化的侦查主体和特别司法警察的程序。
此外，为了应对公诉时效临近或数字证据被销毁等“司法紧急情况”，与其让检察官重新拿起侦查的刀，不如立法引入英国式的“侦查行动计划”或“早期建议”制度的意见也被提出。
同时，通过侦查程序法明确检察官所执行的正常考虑资料请求或判决文书确认等非权力活动为“起诉前事实确认”的自愿审查活动，从而避免实务上的瘫痪。
法律界部分人士也对废除补充侦查权表示担忧。
在西草洞的一位律师在与《亚洲经济》通话时表示：“国家功能中最重要的之一就是抓捕和惩罚罪犯，古代中国国家也非常重视这一点，现在这个系统是否能正常运作令人担忧。”
他还表示：“如果是部分政治检察官的问题，那就应该纠正，而不是废除机构（检察院），质疑为何要废除机构和功能。”并指出：“政府一旦发现问题，就会选择废除机构。现政府在国情院的信息部分、反间谍部门在朴槿惠政府时期也被废除。最近由于选举出现问题，选举委员会解散的讨论也被提上日程。这种做法是不可取的。”
另一位律师在通话中表示：“最近很多人提到，政府与执政党将补充侦查权本身视为犯罪或恶行，这对我们国家的刑事司法系统究竟有多大帮助，令人担忧。”并指出：“侦查机构的制衡与平衡是非常重要的部分，而现在检察院的权力已经大幅削弱，若连非常例的补充侦查权也被剥夺，警方的制衡机制将完全消失。”
他还表示：“未来如何协调众多侦查机构，建立标准化的运作机制令人担忧。例如，无论是公诉机构、重大犯罪调查厅还是警方，是否能有一个有效的中心来纠正他们的错误，这让人感到担忧。”
※ 本报道经人工智能（AI）系统翻译与编辑。
